港珠澳大桥由三地合建，由此涉及三地协调问题。为此，2003年8月4日国务院批准成立“港珠澳大桥前期工作协调小组”，粤港澳三方每地出3人，都是高级别官员，广东省这边是省发改委主任、省交通厅厅长和珠海市常务副市长。
不过由于三地政府对建设港珠澳大桥的主张，所持角度不完全一致，2006年进展缓慢，就是因为粤港澳三方只要有一方不同意，进度就要停下来。“当时有一个水土保持的合同，价值才30万元，三方折腾了9个月才签了下来”。
导致进展缓慢的关键，是没有争端解决机制，很多时候三方其实都觉得现在的方案可以，但是出于想再为自己多争取一点利益的考虑，所以始终不松口。为了解决这一问题，中央为此设立了一个争端解决机制，由国家发改委牵头，于2006年底成立了港珠澳大桥专责小组(下简称专责小组)，由中央牵头协调各方利益。
接着粤港澳三方也签订了港珠澳大桥合作协议，根据协议成立了港珠澳大桥三地联合工作委员会(下简称三地委)作为新的三方协调机构，最后组建了港珠澳大桥管理局(下简称管理局)，最终形成了项目管理制度上的“三级架构、两级协调”。
在上述架构中，专责小组是中央的争端解决机构，三地委是粤港澳三方的协调机构、管理局是执行机构，在港珠澳大桥项目建设管理过程中，三地委相当于董事会，负责高管的聘请、年度预算的审批和内部制度的制定，而管理局则相当于经营管理团队，管理局和三地委之间的权利义务划分则由三地协议和管理局章程界定。
组成一个清晰的项目管理架构的好处是，避免人事更换导致后来人把前面定下来的决定又进行改动。
港珠澳大桥前期筹备和建设一共历时15年，这期间珠海市长换了6个，广东省发改委主任换了6个，三地委主席换了8个，香港运输局局长首席代表换了4个，澳门的也换了3个。人一换之后，前面做的事就容易搞不清楚，而且容易出现以今天的环境去衡量当时做的决策，而其实当时很多决策方案都是平衡和妥协的结果，定下来就要接受的。
所幸有此套项目管理架构，每当出现三地委和管理局之间的争议时，大家一起拿出三地协议和管理局章程来看，是谁的权限就以谁的意见为准，谁也不能越权干涉对方，这样就在组织机制上保障了港珠澳大桥项目的稳步推进。
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